Het Thijmgenootschap heeft vier afdelingen:
- medische afdeling
- rechts- en bestuurskundige afdeling
- wijsgerige afdeling
- afdeling katholieke theologie
Leden kunnen kenbaar maken of ze ook lid van één of meer afdelingen willen zijn. Deze afdelingen organiseren eigen symposia en andere activiteiten. Informatie is te vinden op de pagina’s van de afzonderlijke afdelingen.